在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
第一部： 20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪…… 第二部： 这是一个全世界疯狂痴迷于卡片对战的世界。在这个世界，治理和保护环境被视为最神圣的职权。成名于世200余年的卡片世家宇...
陈星乃东阳城陈家少主，父母双亡，本可在成年时继任家主之位，却被野心勃勃的代家主陈盛，设计暗害打算鸠占鹊巢。谁承想陈星大难不死，意外获得失传已久的至高功法《太古星神诀》，并学会了部分招式，强势归来，揭穿陈盛丑恶嘴脸，将其关押入牢。此事暂了，陈星未雨绸缪，仔细研究《太古星神诀》，搜罗功法所需星兽，快速成长。期间，陈星因一只星兽，救下玄阳宫宫主之女穆青岚，并在其建议下，历尽千辛拜入玄阳宫。然而刚入门，陈星就和副宗主之子剑飞空，争端不断。
少年叶天获得了复制他人天赋的能力，从此逆天改命，为了守护妹妹变得更强，他开始了对未知世界的探索，逐渐 揭开异次元入侵的秘密……
方寒与同伴前往归虚历练，一路上战天魔、斩神族，又因挑战仙道魁首太一门的权威被逼入太元仙府，反而因祸得福，修为大涨。逃脱生天之后的方寒恪守本心，护持同门，继续谱写属于自己的热血传说。
