陨石坠落后的第十年，由于巨大结晶释放出的神秘粒子“梅比乌斯之尘”的影响，一部分孩子获得了名为“拉姆斯”的特殊能力。这些特殊能力者由于生存范围受到限制，被禁止离开“新胜鹿镇”。为了排解无法离开的烦闷，高中生荒木与妹妹斯特拉、青梅竹马奥尔加等人组成“警跃者”队伍，运用异能全身心投入到争夺领地的游戏中。然而，直到有一天，“拉姆斯”的研究者汤田博士请求他们协助一项实验，荒木等人决定参与其中，他们的命运由此开始转动。
斋森美世虽出身异能者名门，却不像妹妹有珍稀的“见鬼之才”，从小遭父亲蔑视，并饱受继母和妹妹欺凌。斋森家为了政策联姻，将美世许配给异能者久堂清霞。此人虽才能卓越却性格冷酷，已被多任未婚妻解除婚约，美世初到久堂家时更只得到清霞冷淡对待，但善良的美世渐渐打动了漠然的婚约者。
曾几何时，世界上突然出现无数身形庞大的巨人，普通人类的生命受到前所未有的威胁。为了保护自身安全，最后的人类筑起三座高墙：玛莉亚、露丝和希娜。人类迎来了长达一个世纪的和平岁月，却也让自己成为圈养在笼中的鸟儿，屈辱地失去自由。845年，高达60米的超大型巨人和铠之巨人登场， 摧毁了最外层的玛莉亚之壁，也惊醒了人类似乎永远不会苏醒的长梦。在此事件中，不愿蜷缩在墙内的少年艾伦·耶格尔（梶裕贵 配音）亲眼目睹母亲遇害，由此更坚定了他加入调查兵团的决心。在此之后，艾伦和青梅竹马三笠·阿克曼（石川由依 配音）、好友阿尔敏·亚鲁雷特（井上麻里奈 配音）加入第104期训练兵团，发誓成为足以消灭所有巨人的英勇战士。百年的和平结束，人类和巨人的战争再度拉开序幕……
